Es transcendental que en un sistema de información exista un control en la calidad de los datos, pues no olvidemos que la información adquirida es obtenida de diversas fuentes, por tal motivo existe la probabilidad de tener un margen de error, como pueden ser: las determinaciones realizadas incorrectamente, inestabilidad taxonómica y nomenclatural, por mencionar algunos.
Las limitaciones que presentan las bases de datos es que algunas muestran un grado de error apreciable por diversos procesos que comprometen la descripción de patrones y por lo tanto de mapeo.
A menudo se presentan complicaciones en la calidad de datos geográficos, como son la ausencia de indicación de una localidad, citas incorrectas, insuficiencias de datos, entre otros.
Sin olvidar que también los datos que se han recabado en el pasado tienen un margen de error aún mayor, debido a la carencia de información.
Sin embargo por lo anterior podemos concluir que el problema actual, es la falta de exhaustividad en la recopilación y falta de cobertura geográfica, por lo que es de suma importancia conocer la calidad de la información del territorio muestreado para obtener predicciones robustas. Por ejemplo, siempre tenemos, que a pesar del gran número de muestreos que se tienen, están muy sesgados y los patrones de riqueza están correlacionados con la cantidad de muestreo. Por lo que los trabajos que se basan en los datos recolectados, son sesgados o los resultados que se obtienen son congruentes con las bases de datos pero no con la diversidad de la biota.
El tener un control en la calidad de los datos nos puede brindar ventajas en nuestros estudios, ya que se vuelven más precisos, por tal motivo es necesario revisar constantemente los datos y corregirlos.